El Colegio Matemático y Ecológico San Rafael fue fundado el 31 de enero del 2001 con RD 038 UGEL N° 04, por los esposos Arturo Rodriguez; Ingeniero Mecánico de la UNI, profesor fundador de IDAT y de la Universidad Tecnológica del Perú y Maria Eugenia Menacho Ingeniero de Sistemas y Bachiller en Educación de la Universidad San Ignacio de Loyola, llegaron a Lomas de Carabayllo con la firme decisión de trascender en la historia. Pioneros en terrenos áridos, agreste y complejo de trabajar; además, al observar la lejanía a la ciudad y al pensar en la futura educación de sus pequeños decidieron emprender y apostar por la educación de calidad y la ecología en Carabayllo.
El Colegio Matemático y Ecológico San Rafael apertura tres salones del nivel inicial en el 2001 y en el 2003 obtuvo la ampliación del servicio con RD 06660 UGEL 04 para todos los niveles de inicial, primaria y secundaria.
Hoy el Colegio Matemático y Ecológico San Rafael cuenta con el nivel de preparación para las Universidades: “LA PRE” formada por alumnos de 5to y 6to de primaria, así como las academias FV (Federico Villareal), SM (San Marcos) y UNI (Universidad Nacional de Ingeniería) formada por alumnos de secundaria. También cuenta con programas de Reforzamiento para alumnos que lo necesitan y Círculo de Estudiantes que consiste en preparación exclusiva para las Olimpiadas de Matemáticas. También pensando en los jóvenes que no han culminado la secundaria también cuenta con el Colegio Acelerado CEBA los sábado y domingos y muy pronto el Instituto Superior Tecnológico que ofrecerá carreras de Administración, Contabilidad, Electrónica Industrial y Computación e Informática.